Les attaques de mouches des fruits (Ceratis rosa, Ceratitis capitata et Bactrocera zonata) sont surtout remarquées sur agrumes cultivés en-dessous de 700 m. Les variétés à peau fine sont plus sensibles.
Les citrons, les limes et les combavas restent à l’abri des piqûres en raison de leur épiderme plus épais très concentré en huiles essentielles.

La meilleure protection contre les mouches consiste à ramasser régulièrement les fruits tombés au sol et de les enfouir à plus de 10 cm de profondeur afin de rompre le cycle de reproduction.